Powstanie jeziora Wigry, jak i ostateczne ukształtowanie całego terenu Parku, związane jest z okresem ostatniego zlodowacenia. W swoim maksymalnym zasięgu lądolód pokrywał obszar rozciągający się od północy po dolinę Biebrzy. W okresie tym wyżłobione zostały pod lodowcem rynny o stromych zboczach i nierównym dnie, między innymi rynny jeziora Wigry. Wody wypływające spod czoła lodowca wynosiły materiał piaszczysto-żwirowy i tworzyły pokłady sandrowe. Po okresie ocieplenia, któremu towarzyszyło wycofywanie się (recesja) lodowca, nastąpiło ponowne ochłodzenie klimatu i powtórne nasuwanie się (transgresja) czoła lądolodu w kierunku południowym - tzw. subfaza wigierska. Napierający lądolód częściowo zniszczył wcześniejsze moreny czołowe i zmienił formę wzniesień, których pozostałościami są obecnie wyspy na jeziorze Wigry: Ordów, Ostrów i Krowa. W następnym okresie, znanym jako subfaza hańczańska, czoło lodowca rozdzieliło się na liczne loby i charakteryzowało się znaczną ruchliwością. U schyłku plejstocenu, około 14 tysięcy lat temu, rozpoczął się okres ostatecznego rozpadu i zaniku pokrywy lodowej. Ogromne bryły i płaty lodu roztapiały się bardzo wolno. W miejscu występowania zagrzebanych brył lodowych pojawiały się początkowo płaskie obniżenia, w których rozwijała się roślinność torfowiskowa. Dopiero istotne ocielenie klimatu, które nastąpiło około 12 tysięcy lat temu, doprowadziło do szybkiego pogłębiania się jezior, aż do ostatecznego wytopienia się lodów. W tym okresie powstała większość jezior obecnego Parku, w tym kompleks połączonych mis jeziornych tworzących Prawigry. W długim procesie wypełniania się osadami dennymi, zarastania stref brzegowych i płycizn Prawigry przekształciły się stopniowo w grupę 14 jezior i jeziorek, o łącznej powierzchni około 2,5 tys. ha.Jezioro Wigry jest jednym z najgłębszych i największych jezior Polski. Powierzchnia zwierciadła wody Wigier wynosi 2 118,3 ha, a leżących na nim wysp - 68,4 ha. Maksymalna głębokość zbiornika wynosi 73,0 m, a średnia 15,8 m. Jezioro jest akwenem bardzo zróżnicowanym pod względem batymetrii i kształtu misy jeziornej. Charakteryzuje się bardzo dobrze rozwiniętą linią brzegową, której długość wynosi 72,0 km, z czego prawie 29 km przypada na brzegi porośnięte lasem. Długość maksymalna jeziora wynosi 17,5 km, szerokość - 3,5 km, a objętość misy jeziornej - 336 726,7 tys. m3.Misę jeziora tworzą dwie rynny, połączone poprzecznym zagłębieniem moreny dennej. Jezioro odznacza się niezwykle urozmaiconą rzeźbą dna. Można tu spotkać liczne głęboczki oddzielone od siebie płyciznami śródjeziornymi oraz strome skarpy o wysokości dochodzącej do 30 metrów. Ze względu na znaczne zróżnicowanie zbiornika całe jezioro zostało podzielone na części: Plos Północny (Wigierski), Plos Środkowy (Zakątkowski), Plos Zachodni (Bryzglowski).